金关工程(二期)加工贸易管理系统是金关工程(二期)的重要组成部分，该系统的上线运行和推广应用为海关深化加工贸易及保税监管改革、支持加工贸易创新发展提供有力的技术支持和保障。金关工程(二期)加工贸易管理系统由加工贸易手册管理分系统、加工贸易账册管理分系统、保税流转管理分系统等多个分系统组成。